Kể cả những đánh giá lạc quan nhất cũng cho thấy có ít hơn 100 con tê giác Java trong điều kiện hoang dã. Chúng được công nhận có thể là loài động vật có vú đang gặp nguy hiểm nhất trên thế giới, dù rằng loài tê giác Sumatra, hiện còn khoảng 300 cá thể, đang ở những khu vực phân bố không được bảo vệ như tê giác Java, và một số nhà môi trường học cho rằng tê giác Sumatra đang ở trong tình trạng nguy hiểm hơn. Tê giác Java hiện nay chỉ được biết đang tồn tại ở hai nơi: vườn quốc gia Ujung Kulon trên mũi phía Tây đảo Java và vườn quốc gia Cát Tiên, cách thành phố Hồ Chí Minh 150 km (90 dặm) về phía Bắc[7][24].

Loài động vật này trước kia đã từng phổ biến ở Assam và Bengal (vùng phân bố của chúng có thể chồng lấn lên cả vùng của tê giác Sumatra và Ấn Độ), hướng về phía Đông tới Myanma, Thái Lan, Campuchia, Lào, Việt Nam, phía nam tới bán đảo Mã Lai, các đảo Sumatra, Java và có thể cả Borneo[25]. Chúng chủ yếu sinh sống ở các vùng rừng mưa rậm rạp trên đất thấp, những vùng lau sậy và cỏ cao vốn rất nhiều cạnh các con sông, những vùng bãi bồi triền sông rộng lớn, hay những khu vực ẩm ướt với nhiều bãi bùn. Dù trong lịch sử, chúng thích sống ở những nơi thấp, thì phân loài ở Việt Nam đã di chuyển lên nơi cao hơn (2.000 m) bởi sự xâm lấn và săn bắt của con người[14].

Phạm vi phân bố của tê giác Java bắt đầu thu hẹp lại cách đây ít nhất 3.000 năm. Bắt đầu vào khoảng năm 1000 TCN, khu vực phân bố phía Bắc của tê giác Java, khi đó đã mở rộng lên cả Trung Quốc, bắt đầu chuyển về phía Nam với tốc độ lên tới 0,5 km (0,3 dặm) một năm, bởi các khu định cư của con người nơi đây đã tăng lên[26]. Nó có thể giống như sự tuyệt chủng cục bộ loài này ở Ấn Độ trong thập niên 1990[16]. Chúng đã bị săn bắn đến mức tuyệt chủng tại bán đảo Mã Lai vào năm 1932[27]. Khi kết thúc Chiến tranh Việt Nam, phân loài tê giác Việt Nam được coi là đã tuyệt chủng trên toàn khu vực châu Á, cho đến năm 1989 thì phân loài này mới lại được tìm thấy. Những thợ săn và khai thác gỗ địa phương ở Campuchia khẳng định rằng họ đã từng nhìn thấy tê giác Java trên dãy núi Kravanh, nhưng những khảo sát khu vực này đã không thể tìm ra bất cứ dấu hiệu nào của chúng[28]. Một quần thể cũng có thể đã còn tồn tại trên đảo Borneo, dù rằng đó có thể là loài tê giác Sumatra, với một quần thể nhỏ của chúng ngày nay vẫn còn tồn tại nơi đây[25].